หน่วยตรวจสอบภายใน สำนักงานเขตพื้นที่การศึกษามัธยมศึกษานครศรีธรรมราช มีภารกิจดังต่อไปนี้

• ดำเนินงานเกี่ยวกับงานตรวจสอบการเงิน การบัญชี และตรวจสอบระบบการดูแลทรัพย์สิน
• ดำเนินงานเกี่ยวกับงานตรวจสอบการดำเนินการหริอกระบวนการเปรียบเทียบกับผลผลิตหรือเป้าหมายที่กำหนด
• ดำเนินการเกี่ยวกับการประเมินการบริหารความเสี่ยง
• ดำเนินการอื่นเกี่ยวกับการตรวจสอบภายในตามที่กฎหมายกำหนด
• ปฏิบัติงานร่วมกับหรือสนับสนุนการปฏิบัติงานของหน่วยงานอื่นที่เกี่ยวข้องหรือที่ได้รับมอบหมาย